原名慈雲巖，位於圓通寺後的柯子崙山頂，傳建於咸豐年間，祀觀音佛祖，過去為舊擺接十三庄居民之信仰中心；創建時間說法不一，清咸豐四年（1854）因漳泉對立而遭泉州人焚燬，民國五年（1916）由板橋林家重建，民國四十三年（1954年）六月十九日圓通寺後山大火，延燒了十八甲多的山林，唯有慈雲岩舊址未受祝融波及，咸認是觀世音菩薩顯靈。於是由圓通寺住持妙清法師倡議，囑其門徒達進法師於原址重建慈雲岩，今稱慈雲寺，是一座樸實莊嚴的廟宇。由圓通禪寺旁邊登山步道可以直達慈雲寺，寺前景觀怡人。